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Breast cancer (BC) risk for BRCA1 and BRCA2 mutation carriers varies by genetic and familial factors. About 50 common variants have been shown to modify BC risk for mutation carriers. All but three, were identified in general population studies. Other mutation carrier-specific susceptibility variants may exist but studies of mutation carriers have so far been underpowered. We conduct a novel case-only genome-wide association study comparing genotype frequencies between 60,212 general population BC cases and 13,007 cases with BRCA1 or BRCA2 mutations. We identify robust novel associations for 2 variants with BC for BRCA1 and 3 for BRCA2 mutation carriers, P < 10−8, at 5 loci, which are not associated with risk in the general population. They include rs60882887 at 11p11.2 where MADD, SP11 and EIF1, genes previously implicated in BC biology, are predicted as potential targets. These findings will contribute towards customising BC polygenic risk scores for BRCA1 and BRCA2 mutation carriers.
A case-only study to identify genetic modifiers of breast cancer risk for BRCA1/BRCA2 mutation carriers
Coignard J.;Lush M.;Beesley J.;O'Mara T. A.;Dennis J.;Tyrer J. P.;Barnes D. R.;McGuffog L.;Leslie G.;Bolla M. K.;Adank M. A.;Agata S.;Ahearn T.;Aittomaki K.;Andrulis I. L.;Anton-Culver H.;Arndt V.;Arnold N.;Aronson K. J.;Arun B. K.;Augustinsson A.;Azzollini J.;Barrowdale D.;Baynes C.;Becher H.;Bermisheva M.;Bernstein L.;Bialkowska K.;Blomqvist C.;Bojesen S. E.;Bonanni B.;Borg A.;Brauch H.;Brenner H.;Burwinkel B.;Buys S. S.;Caldes T.;Caligo M. A.;Campa D.;Carter B. D.;Castelao J. E.;Chang-Claude J.;Chanock S. J.;Chung W. K.;Claes K. B. M.;Clarke C. L.;Bertrand O.;Caputo S.;Dupre A.;Le Mentec M.;Belotti M.;Birot A. -M.;Buecher B.;Fourme E.;Gauthier-Villars M.;Golmard L.;Houdayer C.;Moncoutier V.;de Pauw A.;Saule C.;Sinilnikova O.;Mazoyer S.;Damiola F.;Barjhoux L.;Verny-Pierre C.;Leone M.;Boutry-Kryza N.;Calender A.;Giraud S.;Caron O.;Guillaud-Bataille M.;Bressac-de-Paillerets B.;Bignon Y. -J.;Uhrhammer N.;Lasset C.;Bonadona V.;Berthet P.;Vaur D.;Castera L.;Noguchi T.;Popovici C.;Sobol H.;Bourdon V.;Noguchi T.;Remenieras A.;Nogues C.;Coupier I.;Pujol P.;Dumont A.;Revillion F.;Adenis C.;Muller D.;Barouk-Simonet E.;Bonnet F.;Bubien V.;Sevenet N.;Longy M.;Toulas C.;Guimbaud R.;Gladieff L.;Feillel V.;Leroux D.;Dreyfus H.;Rebischung C.;Peysselon M.;Coron F.;Faivre L.;Baurand A.;Jacquot C.;Bertolone G.;Lizard S.;Prieur F.;Lebrun M.;Kientz C.;Ferrer S. F.;Mari V.;Venat-Bouvet L.;Delnatte C.;Bezieau S.;Mortemousque I.;Coulet F.;Colas C.;Soubrier F.;Warcoin M.;Sokolowska J.;Bronner M.;Collonge-Rame M. -A.;Damette A.;Gesta P.;Lallaoui H.;Chiesa J.;Molina-Gomes D.;Ingster O.;Gregory H.;Miedzybrodzka Z.;Morrison P. J.;Ong K. -R.;Donaldson A.;Rogers M. T.;Kennedy M. J.;Porteous M. E.;Brewer C.;Davidson R.;Izatt L.;Brady A.;Barwell J.;Adlard J.;Foo C.;Lalloo F.;Side L. E.;Eason J.;Henderson A.;Walker L.;Eeles R. A.;Cook J.;Snape K.;Eccles D. M.;Murray A.;McCann E.;Collee J. M.;Conroy D. M.;Czene K.;Daly M. B.;Devilee P.;Diez O.;Ding Y. C.;Domchek S. M.;Dork T.;dos-Santos-Silva I.;Dunning A. M.;Dwek M.;Eliassen A. H.;Engel C.;Eriksson M.;Evans D. G.;Fasching P. A.;Flyger H.;Fostira F.;Friedman E.;Fritschi L.;Frost D.;Gago-Dominguez M.;Gapstur S. M.;Garber J.;Garcia-Barberan V.;Garcia-Closas M.;Garcia-Saenz J. A.;Gaudet M. M.;Gayther S. A.;Gehrig A.;Georgoulias V.;Giles G. G.;Godwin A. K.;Goldberg M. S.;Goldgar D. E.;Gonzalez-Neira A.;Greene M. H.;Guenel P.;Haeberle L.;Hahnen E.;Haiman C. A.;Hakansson N.;Hall P.;Hamann U.;Harrington P. A.;Hart S. N.;He W.;Hogervorst F. B. L.;Hollestelle A.;Hopper J. L.;Horcasitas D. J.;Hulick P. J.;Hunter D. J.;Imyanitov E. N.;Fox S.;Campbell I.;Spurdle A.;Webb P.;de Fazio A.;Tassell M.;Kirk J.;Lindeman G.;Price M.;Southey M.;Milne R. L.;Deb S.;Bowtell D.;van der Hout A. H.;van den Ouweland A. M. W.;Mensenkamp A. R.;van Deurzen C. H. M.;Kets C. M.;Seynaeve C.;van Asperen C. J.;Aalfs C. M.;Gomez Garcia E. B.;van Leeuwen F. E.;de Bock G. H.;Meijers-Heijboer H. E. J.;Obdeijn I. M.;Collee J. M.;Gille J. J. P.;Oosterwijk J. C.;Wijnen J. T.;van der Kolk L. E.;Hooning M. J.;Ausems M. G. E. M.;Mourits M. J. E.;Blok M. J.;Rookus M. A.;Adank M. A.;van der Luijt R. B.;van Cronenburg T. C. T. E. F.;van der Pol C. C.;Russell N. S.;Siesling S.;Overbeek L.;Wijnands R.;de Lange J. L.;Clarke C.;Graham D.;Sachchithananthan M.;Marsh D.;Scott R.;Baxter R.;Yip D.;Carpenter J.;Davis A.;Pathmanathan N.;Simpson P.;Jager A.;Jakubowska A.;James P. A.;Jensen U. B.;John E. M.;Jones M. E.;Kaaks R.;Kapoor P. M.;Karlan B. Y.;Keeman R.;Khusnutdinova E.;Kiiski J. I.;Ko Y. -D.;Kosma V. -M.;Kraft P.;Kurian A. W.;Laitman Y.;Lambrechts D.;Le Marchand L.;Lester J.;Lesueur F.;Lindstrom T.;Lopez-Fernandez A.;Loud J. T.;Luccarini C.;Mannermaa A.;Manoukian S.;Margolin S.;Martens J. W. M.;Mebirouk N.;Meindl A.;Miller A.;Montagna M.;Nathanson K. L.;Neuhausen S. L.;Nevanlinna H.;Nielsen F. C.;O'Brien K. M.;Olopade O. I.;Olson J. E.;Olsson H.;Osorio A.;Ottini L.;Park-Simon T. -W.;Parsons M. T.;Pedersen I. S.;Peshkin B.;Peterlongo P.;Peto J.;Pharoah P. D. P.;Phillips K. -A.;Polley E. C.;Poppe B.;Presneau N.;Pujana M. A.;Punie K.;Radice P.;Rantala J.;Rashid M. U.;Rennert G.;Rennert H. S.;Robson M.;Romero A.;Rossing M.;Saloustros E.;Sandler D. P.;Santella R.;Scheuner M. T.;Schmidt M. K.;Schmidt G.;Scott C.;Sharma P.;Soucy P.;Spinelli J. J.;Steinsnyder Z.;Stone J.;Stoppa-Lyonnet D.;Swerdlow A.;Tamimi R. M.;Tapper W. J.;Taylor J. A.;Terry M. B.;Teule A.;Thull D. L.;Tischkowitz M.;Toland A. E.;Torres D.;Trainer A. H.;Truong T.;Tung N.;Vachon C. M.;Vega A.;Vijai J.;Wang Q.;Wappenschmidt B.;Weinberg C. R.;Weitzel J. N.;Wendt C.;Wolk A.;Yadav S.;Yang X. R.;Yannoukakos D.;Zheng W.;Ziogas A.;Zorn K. K.;Park S. K.;Thomassen M.;Offit K.;Schmutzler R. K.;Couch F. J.;Simard J.;Chenevix-Trench G.;Easton D. F.;Andrieu N.;Antoniou A. C.
2021-01-01
Abstract
Breast cancer (BC) risk for BRCA1 and BRCA2 mutation carriers varies by genetic and familial factors. About 50 common variants have been shown to modify BC risk for mutation carriers. All but three, were identified in general population studies. Other mutation carrier-specific susceptibility variants may exist but studies of mutation carriers have so far been underpowered. We conduct a novel case-only genome-wide association study comparing genotype frequencies between 60,212 general population BC cases and 13,007 cases with BRCA1 or BRCA2 mutations. We identify robust novel associations for 2 variants with BC for BRCA1 and 3 for BRCA2 mutation carriers, P < 10−8, at 5 loci, which are not associated with risk in the general population. They include rs60882887 at 11p11.2 where MADD, SP11 and EIF1, genes previously implicated in BC biology, are predicted as potential targets. These findings will contribute towards customising BC polygenic risk scores for BRCA1 and BRCA2 mutation carriers.
Coignard, J.; Lush, M.; Beesley, J.; O'Mara, T. A.; Dennis, J.; Tyrer, J. P.; Barnes, D. R.; Mcguffog, L.; Leslie, G.; Bolla, M. K.; Adank, M. A.; Agata, S.; Ahearn, T.; Aittomaki, K.; Andrulis, I. L.; Anton-Culver, H.; Arndt, V.; Arnold, N.; Aronson, K. J.; Arun, B. K.; Augustinsson, A.; Azzollini, J.; Barrowdale, D.; Baynes, C.; Becher, H.; Bermisheva, M.; Bernstein, L.; Bialkowska, K.; Blomqvist, C.; Bojesen, S. E.; Bonanni, B.; Borg, A.; Brauch, H.; Brenner, H.; Burwinkel, B.; Buys, S. S.; Caldes, T.; Caligo, M. A.; Campa, D.; Carter, B. D.; Castelao, J. E.; Chang-Claude, J.; Chanock, S. J.; Chung, W. K.; Claes, K. B. M.; Clarke, C. L.; Bertrand, O.; Caputo, S.; Dupre, A.; Le Mentec, M.; Belotti, M.; Birot, A. -M.; Buecher, B.; Fourme, E.; Gauthier-Villars, M.; Golmard, L.; Houdayer, C.; Moncoutier, V.; de Pauw, A.; Saule, C.; Sinilnikova, O.; Mazoyer, S.; Damiola, F.; Barjhoux, L.; Verny-Pierre, C.; Leone, M.; Boutry-Kryza, N.; Calender, A.; Giraud, S.; Caron, O.; Guillaud-Bataille, M.; Bressac-de-Paillerets, B.; Bignon, Y. -J.; Uhrhammer, N.; Lasset, C.; Bonadona, V.; Berthet, P.; Vaur, D.; Castera, L.; Noguchi, T.; Popovici, C.; Sobol, H.; Bourdon, V.; Noguchi, T.; Remenieras, A.; Nogues, C.; Coupier, I.; Pujol, P.; Dumont, A.; Revillion, F.; Adenis, C.; Muller, D.; Barouk-Simonet, E.; Bonnet, F.; Bubien, V.; Sevenet, N.; Longy, M.; Toulas, C.; Guimbaud, R.; Gladieff, L.; Feillel, V.; Leroux, D.; Dreyfus, H.; Rebischung, C.; Peysselon, M.; Coron, F.; Faivre, L.; Baurand, A.; Jacquot, C.; Bertolone, G.; Lizard, S.; Prieur, F.; Lebrun, M.; Kientz, C.; Ferrer, S. F.; Mari, V.; Venat-Bouvet, L.; Delnatte, C.; Bezieau, S.; Mortemousque, I.; Coulet, F.; Colas, C.; Soubrier, F.; Warcoin, M.; Sokolowska, J.; Bronner, M.; Collonge-Rame, M. -A.; Damette, A.; Gesta, P.; Lallaoui, H.; Chiesa, J.; Molina-Gomes, D.; Ingster, O.; Gregory, H.; Miedzybrodzka, Z.; Morrison, P. J.; Ong, K. -R.; Donaldson, A.; Rogers, M. T.; Kennedy, M. J.; Porteous, M. E.; Brewer, C.; Davidson, R.; Izatt, L.; Brady, A.; Barwell, J.; Adlard, J.; Foo, C.; Lalloo, F.; Side, L. E.; Eason, J.; Henderson, A.; Walker, L.; Eeles, R. A.; Cook, J.; Snape, K.; Eccles, D. M.; Murray, A.; Mccann, E.; Collee, J. M.; Conroy, D. M.; Czene, K.; Daly, M. B.; Devilee, P.; Diez, O.; Ding, Y. C.; Domchek, S. M.; Dork, T.; dos-Santos-Silva, I.; Dunning, A. M.; Dwek, M.; Eliassen, A. H.; Engel, C.; Eriksson, M.; Evans, D. G.; Fasching, P. A.; Flyger, H.; Fostira, F.; Friedman, E.; Fritschi, L.; Frost, D.; Gago-Dominguez, M.; Gapstur, S. M.; Garber, J.; Garcia-Barberan, V.; Garcia-Closas, M.; Garcia-Saenz, J. A.; Gaudet, M. M.; Gayther, S. A.; Gehrig, A.; Georgoulias, V.; Giles, G. G.; Godwin, A. K.; Goldberg, M. S.; Goldgar, D. E.; Gonzalez-Neira, A.; Greene, M. H.; Guenel, P.; Haeberle, L.; Hahnen, E.; Haiman, C. A.; Hakansson, N.; Hall, P.; Hamann, U.; Harrington, P. A.; Hart, S. N.; He, W.; Hogervorst, F. B. L.; Hollestelle, A.; Hopper, J. L.; Horcasitas, D. J.; Hulick, P. J.; Hunter, D. J.; Imyanitov, E. N.; Fox, S.; Campbell, I.; Spurdle, A.; Webb, P.; de Fazio, A.; Tassell, M.; Kirk, J.; Lindeman, G.; Price, M.; Southey, M.; Milne, R. L.; Deb, S.; Bowtell, D.; van der Hout, A. H.; van den Ouweland, A. M. W.; Mensenkamp, A. R.; van Deurzen, C. H. M.; Kets, C. M.; Seynaeve, C.; van Asperen, C. J.; Aalfs, C. M.; Gomez Garcia, E. B.; van Leeuwen, F. E.; de Bock, G. H.; Meijers-Heijboer, H. E. J.; Obdeijn, I. M.; Collee, J. M.; Gille, J. J. P.; Oosterwijk, J. C.; Wijnen, J. T.; van der Kolk, L. E.; Hooning, M. J.; Ausems, M. G. E. M.; Mourits, M. J. E.; Blok, M. J.; Rookus, M. A.; Adank, M. A.; van der Luijt, R. B.; van Cronenburg, T. C. T. E. F.; van der Pol, C. C.; Russell, N. S.; Siesling, S.; Overbeek, L.; Wijnands, R.; de Lange, J. L.; Clarke, C.; Graham, D.; Sachchithananthan, M.; Marsh, D.; Scott, R.; Baxter, R.; Yip, D.; Carpenter, J.; Davis, A.; Pathmanathan, N.; Simpson, P.; Jager, A.; Jakubowska, A.; James, P. A.; Jensen, U. B.; John, E. M.; Jones, M. E.; Kaaks, R.; Kapoor, P. M.; Karlan, B. Y.; Keeman, R.; Khusnutdinova, E.; Kiiski, J. I.; Ko, Y. -D.; Kosma, V. -M.; Kraft, P.; Kurian, A. W.; Laitman, Y.; Lambrechts, D.; Le Marchand, L.; Lester, J.; Lesueur, F.; Lindstrom, T.; Lopez-Fernandez, A.; Loud, J. T.; Luccarini, C.; Mannermaa, A.; Manoukian, S.; Margolin, S.; Martens, J. W. M.; Mebirouk, N.; Meindl, A.; Miller, A.; Montagna, M.; Nathanson, K. L.; Neuhausen, S. L.; Nevanlinna, H.; Nielsen, F. C.; O'Brien, K. M.; Olopade, O. I.; Olson, J. E.; Olsson, H.; Osorio, A.; Ottini, L.; Park-Simon, T. -W.; Parsons, M. T.; Pedersen, I. S.; Peshkin, B.; Peterlongo, P.; Peto, J.; Pharoah, P. D. P.; Phillips, K. -A.; Polley, E. C.; Poppe, B.; Presneau, N.; Pujana, M. A.; Punie, K.; Radice, P.; Rantala, J.; Rashid, M. U.; Rennert, G.; Rennert, H. S.; Robson, M.; Romero, A.; Rossing, M.; Saloustros, E.; Sandler, D. P.; Santella, R.; Scheuner, M. T.; Schmidt, M. K.; Schmidt, G.; Scott, C.; Sharma, P.; Soucy, P.; Spinelli, J. J.; Steinsnyder, Z.; Stone, J.; Stoppa-Lyonnet, D.; Swerdlow, A.; Tamimi, R. M.; Tapper, W. J.; Taylor, J. A.; Terry, M. B.; Teule, A.; Thull, D. L.; Tischkowitz, M.; Toland, A. E.; Torres, D.; Trainer, A. H.; Truong, T.; Tung, N.; Vachon, C. M.; Vega, A.; Vijai, J.; Wang, Q.; Wappenschmidt, B.; Weinberg, C. R.; Weitzel, J. N.; Wendt, C.; Wolk, A.; Yadav, S.; Yang, X. R.; Yannoukakos, D.; Zheng, W.; Ziogas, A.; Zorn, K. K.; Park, S. K.; Thomassen, M.; Offit, K.; Schmutzler, R. K.; Couch, F. J.; Simard, J.; Chenevix-Trench, G.; Easton, D. F.; Andrieu, N.; Antoniou, A. C.
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Utilizza questo identificativo per citare o creare un link a questo documento: https://hdl.handle.net/11568/1133828
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simulazione ASN
Il report seguente simula gli indicatori relativi alla propria produzione scientifica in relazione alle soglie ASN 2023-2025 del proprio SC/SSD. Si ricorda che il superamento dei valori soglia (almeno 2 su 3) è requisito necessario ma non sufficiente al conseguimento dell'abilitazione. La simulazione si basa sui dati IRIS e sugli indicatori bibliometrici alla data indicata e non tiene conto di eventuali periodi di congedo obbligatorio, che in sede di domanda ASN danno diritto a incrementi percentuali dei valori. La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. Si consideri che Anvur calcola i valori degli indicatori all'ultima data utile per la presentazione delle domande.
La presente simulazione è stata realizzata sulla base delle specifiche raccolte sul tavolo ER del Focus Group IRIS coordinato dall’Università di Modena e Reggio Emilia e delle regole riportate nel DM 589/2018 e allegata Tabella A. Cineca, l’Università di Modena e Reggio Emilia e il Focus Group IRIS non si assumono alcuna responsabilità in merito all’uso che il diretto interessato o terzi faranno della simulazione. Si specifica inoltre che la simulazione contiene calcoli effettuati con dati e algoritmi di pubblico dominio e deve quindi essere considerata come un mero ausilio al calcolo svolgibile manualmente o con strumenti equivalenti.
