Nell’ambito dell’attività di ricerca precedentemente condotta presso il nostro laboratorio con l’obiettivo di studiare i marcatori molecolari basati sul polimorfismo inserzionale dei retrotrasposoni per una migliore discriminazione dei genotipi appartenenti al genere Vitis, sono state estese le indagini a un gruppo di 25 accessioni di “Malvasia” e di presunte “Malvasia-simili” al fine di confrontare la capacità discriminante di questi marcatori molecolari con quella dei noti microsatelliti (SSR) e di fornire eventuali ulteriori informazioni sull’identità e su eventuali legami filogenetici di questo gruppo di accessioni. Nello specifico è stato analizzato il polimorfismo delle sequenze di DNA comprese tra due retrotrasposoni Tvv1 (copia-like) o Gret1 (gypsy-like) (IRAP: Inter-Retrotransposon Amplified Polymorphism), il retrotrasposone Tvv1 o Gret1 e sequenze di tipo microsatellite (REMAP: Retrotransposon-Microsatellite Amplified Polymorphism); mentre per quanto concerne i microsatelliti è stato esaminato il polimorfismo di 10 loci, tra cui i 6 loci indicati nell’ambito del EU-project GENRES CT96 No 81. Nel complesso delle 25 accessioni di “Malvasia” analizzate sono state individuate delle combinazioni di primers IRAP e REMAP che forniscono un elevato numero di bande polimorfiche (20-30 bande polimorfiche per ciascuna singola coppia di primers). I polimorfismi ottenuti sono stati utilizzati per costruire delle matrici binarie di presenza/assenza, rispettivamente per IRAP, REMAP e SSR, dalle quali è stato possibile ricavare i relativi dendrogrammi. Dal confronto dei suddetti alberi si evince che il polimorfismo inserzionale dei retrotrasposoni rilevato con le combinazioni IRAP e REMAP, al pari di quello dei loci microsatelliti è in grado di distinguere i genotipi analizzati discriminando i differenti vitigni. Infatti, sia nel dendrogramma degli SSR che in quello delle IRAP e REMAP è possibile individuare gli stessi gruppi varietali: “Malvasia bianca lunga”, “Malvasia nera di Lecce”, “Malvasia nera di Brindisi”, “Malvasia di Candia aromatica”, “Malvasia di Candia”, “Malvasia Istriana”, “Malvasia di Lanzarote”, e 3 “Malvasie simili” provenienti dalla Toscana e dal Lazio. I marcatori IRAP, e soprattutto quelli REMAP, sono risultati più informativi dei microsatelliti, tanto da rendere possibile una accurata discriminazione varietale utilizzando una sola coppia di primers, anziché 10 coppie di primers microsatelliti. Differenze tra i tre tipi di marcatori utilizzati, appaiono, invece, per quanto concerne le informazioni di tipo filogenetico, tuttavia, ulteriori studi sono necessari per stabilire quali tra queste informazioni siano quelle effettivamente più attendibili.
I retrotrasposoni: nuovi metodi di indagine molecolare per la caratterizzazione genotipica e lo studio filogenetico della vite. Il caso delle Malvasie
D'ONOFRIO, CLAUDIO;NATALI, LUCIA;SCALABRELLI, GIANCARLO
2008-01-01
Abstract
Nell’ambito dell’attività di ricerca precedentemente condotta presso il nostro laboratorio con l’obiettivo di studiare i marcatori molecolari basati sul polimorfismo inserzionale dei retrotrasposoni per una migliore discriminazione dei genotipi appartenenti al genere Vitis, sono state estese le indagini a un gruppo di 25 accessioni di “Malvasia” e di presunte “Malvasia-simili” al fine di confrontare la capacità discriminante di questi marcatori molecolari con quella dei noti microsatelliti (SSR) e di fornire eventuali ulteriori informazioni sull’identità e su eventuali legami filogenetici di questo gruppo di accessioni. Nello specifico è stato analizzato il polimorfismo delle sequenze di DNA comprese tra due retrotrasposoni Tvv1 (copia-like) o Gret1 (gypsy-like) (IRAP: Inter-Retrotransposon Amplified Polymorphism), il retrotrasposone Tvv1 o Gret1 e sequenze di tipo microsatellite (REMAP: Retrotransposon-Microsatellite Amplified Polymorphism); mentre per quanto concerne i microsatelliti è stato esaminato il polimorfismo di 10 loci, tra cui i 6 loci indicati nell’ambito del EU-project GENRES CT96 No 81. Nel complesso delle 25 accessioni di “Malvasia” analizzate sono state individuate delle combinazioni di primers IRAP e REMAP che forniscono un elevato numero di bande polimorfiche (20-30 bande polimorfiche per ciascuna singola coppia di primers). I polimorfismi ottenuti sono stati utilizzati per costruire delle matrici binarie di presenza/assenza, rispettivamente per IRAP, REMAP e SSR, dalle quali è stato possibile ricavare i relativi dendrogrammi. Dal confronto dei suddetti alberi si evince che il polimorfismo inserzionale dei retrotrasposoni rilevato con le combinazioni IRAP e REMAP, al pari di quello dei loci microsatelliti è in grado di distinguere i genotipi analizzati discriminando i differenti vitigni. Infatti, sia nel dendrogramma degli SSR che in quello delle IRAP e REMAP è possibile individuare gli stessi gruppi varietali: “Malvasia bianca lunga”, “Malvasia nera di Lecce”, “Malvasia nera di Brindisi”, “Malvasia di Candia aromatica”, “Malvasia di Candia”, “Malvasia Istriana”, “Malvasia di Lanzarote”, e 3 “Malvasie simili” provenienti dalla Toscana e dal Lazio. I marcatori IRAP, e soprattutto quelli REMAP, sono risultati più informativi dei microsatelliti, tanto da rendere possibile una accurata discriminazione varietale utilizzando una sola coppia di primers, anziché 10 coppie di primers microsatelliti. Differenze tra i tre tipi di marcatori utilizzati, appaiono, invece, per quanto concerne le informazioni di tipo filogenetico, tuttavia, ulteriori studi sono necessari per stabilire quali tra queste informazioni siano quelle effettivamente più attendibili.I documenti in IRIS sono protetti da copyright e tutti i diritti sono riservati, salvo diversa indicazione.
