Attenzione: i dati modificati non sono ancora stati salvati. Per confermare inserimenti o cancellazioni di voci è necessario confermare con il tasto SALVA/INSERISCI in fondo alla pagina
CINECA IRIS Institutional Research Information System
We report a genome-wide association (GWA) study of severe malaria in The Gambia. The initial GWA scan included 2,500 children genotyped on the Affymetrix 500K GeneChip, and a replication study included 3,400 children. We used this to examine the performance of GWA methods in Africa. We found considerable population stratification, and also that signals of association at known malaria resistance loci were greatly attenuated owing to weak linkage disequilibrium (LD). To investigate possible solutions to the problem of low LD, we focused on the HbS locus, sequencing this region of the genome in 62 Gambian individuals and then using these data to conduct multipoint imputation in the GWA samples. This increased the signal of association, from P = 4 x 10(-7) to P = 4 x 10(-14), with the peak of the signal located precisely at the HbS causal variant. Our findings provide proof of principle that fine-resolution multipoint imputation, based on population-specific sequencing data, can substantially boost authentic GWA signals and enable fine mapping of causal variants in African populations.
Genome-wide and fine-resolution association analysis of malaria in West Africa
Muminatou Jallow;Yik Ying Teo;Kerrin S. Small;Kirk A. Rockett;Panos Deloukas;Taane G. Clark;Katja Kivinen;Kalifa A. Bojang;David J. Conway;Margaret Pinder;Giorgio Sirugo;Fatou Sisay Joof;Stanley Usen;Sarah Auburn;Suzannah J. Bumpstead;Susana Campino;Alison Coffey;Andrew Dunham;Andrew E. Fry;Angela Green;Rhian Gwilliam;Sarah E. Hunt;Michael Inouye;Anna E. Jeffreys;Alieu Mendy;Aarno Palotie;Simon Potter;Jiannis Ragoussis;Jane Rogers;Kate Rowlands;Elilan Somaskantharajah;Pamela Whittaker;Claire Widden;Peter Donnelly;Bryan Howie;Jonathan Marchini;Andrew Morris;Miguel Sanjoaquin;Eric Akum Achidi;Tsiri Agbenyega;Angela Allen;Olukemi Amodu;Patrick Corran;Abdoulaye Djimde;Amagana Dolo;Ogobara K. Doumbo;Chris Drakeley;Sarah Dunstan;Jennifer Evans;Jeremy Farrar;Fernando D. Hien Tt;R. D. Horstmann;M. Ibrahim;N. Karunaweera;G. Kokwaro;K. A. Koram;M. Lemnge;J. Makani;K. Marsh;P. Michon;David Modiano;M. E. Molyneux;I. Mueller;M. Parker;N. Peshu;C. V. Plowe;O. Puijalon;J. Reeder;H. Reyburn;E. M. Riley;A. Sakuntabhai;P. Singhasivanon;S. Sirima;A. Tall;T. E. Taylor;M. Thera;M. Troye Blomberg;T. N. Williams;M. Wilson;D. P. Wellcome Trust Case Control Consortium Kwiatkowski;Malaria Genomic E. A. Epidemiology Network: Achidi;T. Agbenyega;T. Ahmad;D. Alcock;S. Allen;L. Amenga Etego;O. Amodu;T. O. Apinjoh;A. P. Attwood;S. Auburn;S. G. Ball;A. J. Balmforth;M. Ban;J. Barbour;D. Barnwell;J. C. Barrett;J. H. Barrett;A. Barton;D. Bentley;D. T. Bishop;K. Bojang;J. P. Boorman;E. Bougouma;L. A. Bradbury;C. A. Braga Marcano;P. S. Braund;F. Bredin;G. Breen;M. A. Brown;M. J. Brown;I. N. Bruce;C. Bryan;S. Bull;S. J. Bumpstead;B. Burke;P. R. Burton;S. Caesar;S. Campino;B. Cant;N. J. Cardin;L. R. Cardon;D. Carucci;M. Caulfield;A. Chaney;T. Clark;D. G. Clayton;D. A. Collier;A. Compston;D. A. Compston;J. Connell;D. Conway;K. Cook;P. Corran;N. Craddock;F. R. Cummings;D. Davison;P. Deloukas;J. Devries;R. Dewasurendra;M. Diakite;R. J. Dixon;A. Djimde;R. Dobson;A. Dolo;A. Dominiczak;P. Donnelly;H. Donovan;O. Doumbo;K. Downes;A. Doyle;C. Drakeley;H. Drummond;P. Duffy;A. Duncanson;D. B. Dunger;S. Dunstan;O. Duombo;D. Easton;A. Elkin;K. S. Elliott;A. Elzein;A. Enimil;D. Evans;J. Evans;U. Everson;S. Eyre;A. Farmer;M. Farrall;C. Farrar;J. Farrar;D. Fernando;T. Ferreira;I. N. Ferrier;S. A. Fisher;K. Fitzpatrick;A. Forbes;J. A. Franklyn;C. Fraser;T. M. Frayling;R. M. Freathy;A. Ghansah;J. Ghori;P. D. Gilbert;K. Gordon Smith;A. Goris;M. Gottlieb;S. C. Gough;A. Green;E. K. Green;C. J. Groves;D. Grozeva;J. Gungadoo;R. Gwilliam;A. S. Hall;I. B. Hallgrimsdóttir;M. L. Hamshere;L. Hart;A. T. Hattersley;J. M. Heward;S. L. Hider;Tran Tinh Hien;A. V. Hill;E. Hilton;A. M. Hinks;G. A. Hitman;P. A. Holmans;Rolf D. Horstmann;B. N. Howie;C. Hubbart;C. Hughes;S. E. Hunt;A. Hussein;J. M. Hussey;Muntaser Ibrahim;M. M. Iles;M. Inouye;D. Ishengoma;M. Jallow;A. E. Jeffreys;D. P. Jewell;John Sl;J. D. Jolley;I. R. Jones;L. Jones;R. W. Jones;Nadira Karunaweera;A. Keniry;E. King;G. Kirov;K. Kivinen;A. S. Knight;K. Koch;Gilbert Kokwaro;Kwadwo A. Koram;H. Lango;G. M. Lathrop;K. L. Lee;C. W. Lees;Martha Lemnge;H. T. Leung;C. M. Lewis;E. Lin;C. M. Lindgren;A. Ly;B. Macinnis;Julie Makani;MANGANO, VALENTINA;M. Mangino;A. Manjurano;L. Manning;J. C. Mansfield;M. Manske;A. Maqbool;J. L. Marchini;Kevin Marsh;G. Maslen;C. G. Mathew;W. L. Mcardle;M. I. Mccarthy;M. Mccreight;R. Mcginnis;P. Mcguffin;E. Meech;A. Mendy;Pascal Michon;David Modiano;M. K. Mohiuddin;Malcolm E. Molyneux;A. P. Morris;V. Moskvina;C. Moyes;Ivo Mueller;P. B. Munroe;T. Mutabingwa;C. M. Ndila;S. J. Newhouse;M. Newport;I. Nikolov;E. R. Nimmo;S. Nutland;V. Nyirongo;M. C. O'Donovan;T. Oluoch;A. Onipinla;C. M. Onnie;W. H. Ouwehand;M. J. Owen;Michael Parker;M. Parkes;M. Pembrey;J. Pereira Gale;J. R. Perry;Norbert Peshu;Christopher V. Plowe;J. J. Pointon;C. Potter;S. Potter;N. J. Prescott;C. V. Prowse;Odile Puijalon;N. T. Quyen;J. Ragoussis;N. Rahman;R. Ravindrarajah;N. W. Rayner;John Reeder;Hugh Reyburn;Eleanor M. Riley;S. M. Ring;P. Risley;K. A. Rockett;J. Rogers;K. Rowlands;Anavaj Sakuntabhai;N. J. Samani;J. Sanderson;M. Sanjoaquin;J. Satsangi;S. J. Sawcer;S. Seal;B. M. Shields;A. J. Silman;M. J. Simmonds;Pratap Singhasivanon;Sodiomon Sirima;G. Sirugo;K. S. Small;E. Somaskantharajah;C. C. Spencer;D. St Clair;H. E. Stevens;M. Stevens;S. Stevens;D. P. Strachan;M. R. Stratton;Z. Su;P. Suriyaphol;D. P. Symmons;Adama Tall;N. C. Taylor;Terrie E. Taylor;Y. Teo;Y. Y. Teo;Mahamadou Thera;J. R. Thompson;W. Thomson;N. J. Timpson;M. D. Tobin;J. A. Todd;C. E. Todhunter;O. Toure;M. Tremelling;Marita Troye Blomberg;A. Vanderwal;D. Vukcevic;M. Walker;N. M. Walker;C. Wallace;G. R. Walters;R. Walton;N. A. Watkins;R. Watson;J. Webster;M. N. Weedon;P. Whittaker;B. Widmer;Thomas N. Williams;R. Williamson;Michael Wilson;T. Winzer;D. Withers;P. Wordsworth;J. Worthington;R. Wrigley;M. Xue;A. H. Young;N. Yuldasheva;E. Zeggini
2009-01-01
Abstract
We report a genome-wide association (GWA) study of severe malaria in The Gambia. The initial GWA scan included 2,500 children genotyped on the Affymetrix 500K GeneChip, and a replication study included 3,400 children. We used this to examine the performance of GWA methods in Africa. We found considerable population stratification, and also that signals of association at known malaria resistance loci were greatly attenuated owing to weak linkage disequilibrium (LD). To investigate possible solutions to the problem of low LD, we focused on the HbS locus, sequencing this region of the genome in 62 Gambian individuals and then using these data to conduct multipoint imputation in the GWA samples. This increased the signal of association, from P = 4 x 10(-7) to P = 4 x 10(-14), with the peak of the signal located precisely at the HbS causal variant. Our findings provide proof of principle that fine-resolution multipoint imputation, based on population-specific sequencing data, can substantially boost authentic GWA signals and enable fine mapping of causal variants in African populations.
Muminatou, Jallow; Yik Ying, Teo; Kerrin S., Small; Kirk A., Rockett; Panos, Deloukas; Taane G., Clark; Katja, Kivinen; Kalifa A., Bojang; David J., Conway; Margaret, Pinder; Giorgio, Sirugo; Fatou Sisay, Joof; Stanley, Usen; Sarah, Auburn; Suzannah J., Bumpstead; Susana, Campino; Alison, Coffey; Andrew, Dunham; Andrew E., Fry; Angela, Green; Rhian, Gwilliam; Sarah E., Hunt; Michael, Inouye; Anna E., Jeffreys; Alieu, Mendy; Aarno, Palotie; Simon, Potter; Jiannis, Ragoussis; Jane, Rogers; Kate, Rowlands; Elilan, Somaskantharajah; Pamela, Whittaker; Claire, Widden; Peter, Donnelly; Bryan, Howie; Jonathan, Marchini; Andrew, Morris; Miguel, Sanjoaquin; Eric Akum, Achidi; Tsiri, Agbenyega; Angela, Allen; Olukemi, Amodu; Patrick, Corran; Abdoulaye, Djimde; Amagana, Dolo; Ogobara K., Doumbo; Chris, Drakeley; Sarah, Dunstan; Jennifer, Evans; Jeremy, Farrar; Fernando D., Hien Tt; R. D., Horstmann; M., Ibrahim; N., Karunaweera; G., Kokwaro; K. A., Koram; M., Lemnge; J., Makani; K., Marsh; P., Michon; David, Modiano; M. E., Molyneux; I., Mueller; M., Parker; N., Peshu; C. V., Plowe; O., Puijalon; J., Reeder; H., Reyburn; E. M., Riley; A., Sakuntabhai; P., Singhasivanon; S., Sirima; A., Tall; T. E., Taylor; M., Thera; M., Troye Blomberg; T. N., Williams; M., Wilson; D. P., Wellcome Trust Case Control Consortium Kwiatkowski; Malaria Genomic E. A., Epidemiology Network: Achidi; T., Agbenyega; T., Ahmad; D., Alcock; S., Allen; L., Amenga Etego; O., Amodu; T. O., Apinjoh; A. P., Attwood; S., Auburn; S. G., Ball; A. J., Balmforth; M., Ban; J., Barbour; D., Barnwell; J. C., Barrett; J. H., Barrett; A., Barton; D., Bentley; D. T., Bishop; K., Bojang; J. P., Boorman; E., Bougouma; L. A., Bradbury; C. A., Braga Marcano; P. S., Braund; F., Bredin; G., Breen; M. A., Brown; M. J., Brown; I. N., Bruce; C., Bryan; S., Bull; S. J., Bumpstead; B., Burke; P. R., Burton; S., Caesar; S., Campino; B., Cant; N. J., Cardin; L. R., Cardon; D., Carucci; M., Caulfield; A., Chaney; T., Clark; D. G., Clayton; D. A., Collier; A., Compston; D. A., Compston; J., Connell; D., Conway; K., Cook; P., Corran; N., Craddock; F. R., Cummings; D., Davison; P., Deloukas; J., Devries; R., Dewasurendra; M., Diakite; R. J., Dixon; A., Djimde; R., Dobson; A., Dolo; A., Dominiczak; P., Donnelly; H., Donovan; O., Doumbo; K., Downes; A., Doyle; C., Drakeley; H., Drummond; P., Duffy; A., Duncanson; D. B., Dunger; S., Dunstan; O., Duombo; D., Easton; A., Elkin; K. S., Elliott; A., Elzein; A., Enimil; D., Evans; J., Evans; U., Everson; S., Eyre; A., Farmer; M., Farrall; C., Farrar; J., Farrar; D., Fernando; T., Ferreira; I. N., Ferrier; S. A., Fisher; K., Fitzpatrick; A., Forbes; J. A., Franklyn; C., Fraser; T. M., Frayling; R. M., Freathy; A., Ghansah; J., Ghori; P. D., Gilbert; K., Gordon Smith; A., Goris; M., Gottlieb; S. C., Gough; A., Green; E. K., Green; C. J., Groves; D., Grozeva; J., Gungadoo; R., Gwilliam; A. S., Hall; I. B., Hallgrimsdóttir; M. L., Hamshere; L., Hart; A. T., Hattersley; J. M., Heward; S. L., Hider; Tran Tinh, Hien; A. V., Hill; E., Hilton; A. M., Hinks; G. A., Hitman; P. A., Holmans; Rolf D., Horstmann; B. N., Howie; C., Hubbart; C., Hughes; S. E., Hunt; A., Hussein; J. M., Hussey; Muntaser, Ibrahim; M. M., Iles; M., Inouye; D., Ishengoma; M., Jallow; A. E., Jeffreys; D. P., Jewell; John, Sl; J. D., Jolley; I. R., Jones; L., Jones; R. W., Jones; Nadira, Karunaweera; A., Keniry; E., King; G., Kirov; K., Kivinen; A. S., Knight; K., Koch; Gilbert, Kokwaro; Kwadwo A., Koram; H., Lango; G. M., Lathrop; K. L., Lee; C. W., Lees; Martha, Lemnge; H. T., Leung; C. M., Lewis; E., Lin; C. M., Lindgren; A., Ly; B., Macinnis; Julie, Makani; Mangano, Valentina; M., Mangino; A., Manjurano; L., Manning; J. C., Mansfield; M., Manske; A., Maqbool; J. L., Marchini; Kevin, Marsh; G., Maslen; C. G., Mathew; W. L., Mcardle; M. I., Mccarthy; M., Mccreight; R., Mcginnis; P., Mcguffin; E., Meech; A., Mendy; Pascal, Michon; David, Modiano; M. K., Mohiuddin; Malcolm E., Molyneux; A. P., Morris; V., Moskvina; C., Moyes; Ivo, Mueller; P. B., Munroe; T., Mutabingwa; C. M., Ndila; S. J., Newhouse; M., Newport; I., Nikolov; E. R., Nimmo; S., Nutland; V., Nyirongo; M. C., O'Donovan; T., Oluoch; A., Onipinla; C. M., Onnie; W. H., Ouwehand; M. J., Owen; Michael, Parker; M., Parkes; M., Pembrey; J., Pereira Gale; J. R., Perry; Norbert, Peshu; Christopher V., Plowe; J. J., Pointon; C., Potter; S., Potter; N. J., Prescott; C. V., Prowse; Odile, Puijalon; N. T., Quyen; J., Ragoussis; N., Rahman; R., Ravindrarajah; N. W., Rayner; John, Reeder; Hugh, Reyburn; Eleanor M., Riley; S. M., Ring; P., Risley; K. A., Rockett; J., Rogers; K., Rowlands; Anavaj, Sakuntabhai; N. J., Samani; J., Sanderson; M., Sanjoaquin; J., Satsangi; S. J., Sawcer; S., Seal; B. M., Shields; A. J., Silman; M. J., Simmonds; Pratap, Singhasivanon; Sodiomon, Sirima; G., Sirugo; K. S., Small; E., Somaskantharajah; C. C., Spencer; D., St Clair; H. E., Stevens; M., Stevens; S., Stevens; D. P., Strachan; M. R., Stratton; Z., Su; P., Suriyaphol; D. P., Symmons; Adama, Tall; N. C., Taylor; Terrie E., Taylor; Y., Teo; Y. Y., Teo; Mahamadou, Thera; J. R., Thompson; W., Thomson; N. J., Timpson; M. D., Tobin; J. A., Todd; C. E., Todhunter; O., Toure; M., Tremelling; Marita Troye, Blomberg; A., Vanderwal; D., Vukcevic; M., Walker; N. M., Walker; C., Wallace; G. R., Walters; R., Walton; N. A., Watkins; R., Watson; J., Webster; M. N., Weedon; P., Whittaker; B., Widmer; Thomas N., Williams; R., Williamson; Michael, Wilson; T., Winzer; D., Withers; P., Wordsworth; J., Worthington; R., Wrigley; M., Xue; A. H., Young; N., Yuldasheva; E., Zeggini
I documenti in IRIS sono protetti da copyright e tutti i diritti sono riservati, salvo diversa indicazione.
Utilizza questo identificativo per citare o creare un link a questo documento: https://hdl.handle.net/11568/839772
Citazioni
206
313
279
social impact
Conferma cancellazione
Sei sicuro che questo prodotto debba essere cancellato?
simulazione ASN
Il report seguente simula gli indicatori relativi alla propria produzione scientifica in relazione alle soglie ASN 2021-2023 del proprio SC/SSD. Si ricorda che il superamento dei valori soglia (almeno 2 su 3) è requisito necessario ma non sufficiente al conseguimento dell'abilitazione. La simulazione si basa sui dati IRIS e sugli indicatori bibliometrici alla data indicata e non tiene conto di eventuali periodi di congedo obbligatorio, che in sede di domanda ASN danno diritto a incrementi percentuali dei valori. La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. Si consideri che Anvur calcola i valori degli indicatori all'ultima data utile per la presentazione delle domande.
La presente simulazione è stata realizzata sulla base delle specifiche raccolte sul tavolo ER del Focus Group IRIS coordinato dall’Università di Modena e Reggio Emilia e delle regole riportate nel DM 589/2018 e allegata Tabella A. Cineca, l’Università di Modena e Reggio Emilia e il Focus Group IRIS non si assumono alcuna responsabilità in merito all’uso che il diretto interessato o terzi faranno della simulazione. Si specifica inoltre che la simulazione contiene calcoli effettuati con dati e algoritmi di pubblico dominio e deve quindi essere considerata come un mero ausilio al calcolo svolgibile manualmente o con strumenti equivalenti.